Jüngeres Stammesherzogtum
Otto von Wittelsbach erhielt 1180 die bayerische Herzogswürde. Mit ihm bekam das Haus Wittelsbach bis 1918 entscheidenden Einfluß in Bayern. Die Wittelsbacher besaßen zwar Güter vor allem in Oberbayern, konnten sich aber nicht mit den großen Geschlechtern des Landes messen, wie z.B. den Grafen von Andechs oder von Bogen. Sie verstanden es jedoch, seit dem 13. Jahrhundert durch Heiraten, Kauf, Tausch, Erbschaften und den - oftmals gewaltsamen - Erwerb von Vogteien und Grundherrschaften ihren Privatbesitz erheblich zu vergrößern.

Neuorganisation der Verwaltung
Nach dem Tod Herzog Ottos I. (1183) konnte Herzog Ludwig I. (1183-1231) das bayerische Territorium im Norden und Osten weiter ausbauen. 1214 fiel ihm die "Pfalzgrafschaft bei Rhein" zu. Die "Pfalz" blieb siebenhundert Jahre lang im Besitz der Wittelsbacher und mit Unterbrechungen bis 1945 bei Bayern. Sein Sohn Otto II. (1231-1253) erwarb Besitzungen der Grafen von Ortenburg, Andechs-Meranien und Wasserburg. Die gewonnenen Besitz- und Herrschaftsrechte wurden nicht mehr als Lehen ausgegeben, sondern mit Hilfe meist herzoglicher Ministerialen und durch ein neu geschaffenes Verwaltungssystem gesichert. Otto II. begann mit dem Aufbau einer einheitlichen und für das ganze Land verbindlichen Gesetzgebung. Es entstanden erst Ämter, dann Pflegegerichte, in denen der Herzog die Hochgerichtsbarkeit, der weltliche und geistliche Adel die niedere Gerichtsbarkeit besaßen. Über Mord, Totschlag und Notzuchtverbrechen urteilte der Herzog bzw. sein Richter, während alle anderen Vergehen in den Hofmarken des Adels verhandelt wurden. Der bayerische Herzog bekam seit dem Aussterben vieler Hochadelsfamilien im 13. Jahrhundert Macht über ein festes Gebiet und begann, alle Gewalt zu "zentralisieren". Er wurde damit zum Landesherrn, sein Herzogtum selbständiges Reichsterritorium. Bayern war beim Tod Ottos II. das größte Territorialherzogtum im Deutschen Reich.

Erbrecht und Teilungen
Wie viele andere Geschlechter des Spätmittelalters vererbten die Wittelsbacher ihr Territorium wie einen Privatbesitz. Es gab keine erbrechtliche Bevorzugung des Erstgeborenen. Die Söhne eines Herzogs konnten ein Land entweder gemeinsam regieren, oder sie mußten teilen. Die ersten Wittelsbacher Herzöge hatten jeweils nur einen überlebenden Sohn. Zwei dagegen besaß Otto II.: Ludwig II. und Heinrich XIII. Von 1253-1255 regierten diese gemeinsam, 1255 teilten sie das Herzogtum. Oberbayern, die wittelsbachischen Ämter auf dem Nordgau und die Rheinpfalz erhielt Ludwig II. (1255-1294), Niederbayern fiel an Heinrich XIII. (1255-1290). Die Brüder erwarben durch ihre Verwandtschaft mit den Staufern 1268 das sogenannte "Konradinische Erbe" mit Gütern in Südwestbayern, Schwaben und im Nordgau.

Trotz erneuter Teilung 1294 gelang es Ludwig IV. (1294-1347), von seinen klerikalen Gegnern spöttisch der "Bayer" genannt, das Haus Wittelsbach "international" zu einem ersten Höhepunkt zu führen. Gegen seinen Mitbewerber Friedrich den Schönen wurde Ludwig 1314 zum deutschen König gewählt und gegen den Widerstand des Papstes Johannes XXII. im Jahr 1328 zum Kaiser gekrönt. Ludwig der Bayer war der erste Wittelsbacher auf dem Kaiserthron.

Während seiner Regierungszeit wurde der wittelsbachische Territorialstaat erheblich vergrößert. Ludwig gewann die Mark Brandenburg, die Grafschaft Tirol und die niederländischen Provinzen Holland, Seeland, Friesland und Hennegau für Bayern, die jedoch unter seinen Nachfolgern größtenteils wieder verloren gingen.

Im "Hausvertrag von Pavia" von 1329 vereinbarten die Vertragspartner, die Herzöge Ludwig und Rudolf, daß beim Aussterben der einen Linie im Mannesstamm die andere sie beerben sollte. Bis zum Jahr 1777 teilten sich die Wittelsbacher in eine "ludwigsche" und in eine "rudolfinische" Linie. Die Nachkommen von Ludwigs Bruder Rudolf I. erhielten die Pfalz am Rhein, die später so genannte "Obere Pfalz" und Teile des Nordgaus. Seine eigenen Nachkommen bekamen das altbayerische Herzogtum Ober- und Niederbayern.