Errichtung einer einheitlichen Verwaltung
Von entscheidender Bedeutung für die Festigung des wittelsbachischen Territorialstaats war die Beendigung der Rechtsuneinheitlichkeit durch das "Stadt- und Landrecht" Ludwigs des Bayern, einer Art "Verfassung" für alle Bewohner Bayerns. Auf mittlerer Ebene wurden Viztum- und Rentmeisterämter weiter ausgebaut, die man als Vorläufer der heutigen Landkreise bzw. Regierungsbezirke bezeichnen könnte. Aus der Verwaltung durch Ministeriale entstand eine neu organisierte Beamtenschaft. Die Zentralämter des Landes entwickelten sich aus dem engeren Rat um die Herzöge: Hofrat (allgemeine Verwaltung), Hofkammer (Finanzwesen) und Kanzler (Schriftverkehr) sind Vorläufer der heutigen Behörden, besonders der Ministerien. Als Gründer und Förderer von Städten und Märkten festigten die bayerischen Herzöge seit dem 12. Jahrhundert ihr Territorialherzogtum. Die seit dem 13. Jahrhundert innerhalb der Städte entstandenen Selbstverwaltungsorgane (u.a. Rat, Bürgermeister) verdeutlichten andererseits ein selbstbewußtes Bürgertum. Handwerker (Zünfte) und Kaufmannschaft (Gilden) standen als freie Bürger den unfreien Bauern gegenüber ("Stadtluft macht frei").

Entstehung der Teilherzogtümer
Im 14. und 15. Jahrhundert wurden Ober- und Niederbayern immer wieder geteilt. Es kam zu insgesamt zehn Teilungen. Dabei entstanden bis zu vier Teilherzogtümer. Die bayerischen Herzöge wurden dadurch politisch vor allem nach außen geschwächt. Sie verloren Land, mußten die Kurwürde an die Pfalz abtreten (1329), und es kam zu dem verheerenden Landshuter Erbfolgekrieg von 1504/05. Die Teilungen bewirkten jedoch auch Positives, denn in den einzelnen Landesteilen entwickelte sich eine kulturelle Vielfalt, eine intensive Staatsverwaltung und eine ständige Vertretung.

Stände
Die rechtlichen Grundlagen für die Entstehung der Stände waren in Oberbayern die "Schnaitbacher Urkunde" von 1302 und in Niederbayern die "Ottonische Handfeste" von 1311. Hier waren die künftigen Vertreter der Stände angesprochen. Seit dem späten Mittelalter standen sie als geistliche, adelige und bürgerliche Landstände mit Herrschaftsrechten den Landesherren gegenüber. Den geistlichen Stand (Prälaten) bildeten die Vorsteher der landständischen Klöster und Stifte. Dem adeligen Stand (Ritter) gehörten die landsässigen Adeligen an, die einem Landesherren unterstanden. Bürger, vor allem die eingesessenen ratsfähigen und begüterten Familien der Patrizier in den Städten und Märkten, stellten die Vertreter des dritten Standes.

Die drei Stände bekamen durch das Steuerbewilligungsrecht und die Wahrung des Landfriedens seit dem 14. Jahrhundert politischen Einfluß und Mitsprache. Sie versammelten sich seit dem 15. Jahrhundert auf "Landtagen" und fühlten sich als Repräsentanten des ganzen Volkes. Die Mehrheit der Bevölkerung, die Bauern, war jedoch nicht vertreten. In ihrer Eigenschaft als "Landschaft" besaßen die Stände ein starkes Gesamtlandesbewußtsein. Sie waren es auch, die 1505 nach dem Landshuter Erbfolgekrieg eine erneute Teilung Bayerns verhinderten.