Militärregierung
Bayern wurde im Frühjahr 1945 hauptsächlich von amerikanischen Einheiten erobert, bevor die Kapitulation der deutschen Wehrmacht am 8.5.1945 das Blutvergießen beendete. Gemäß den Verabredungen der Siegermächte (Potsdamer Abkommen vom 2.8.1945) wurde Bayern der amerikanischen Besatzungszone zugeteilt. Ausgenommen blieben der Landkreis Lindau, der der französischen Besatzungszone zugewiesen wurde, und die bayerische Rheinpfalz. Die amerikanische Besatzungsmacht handelte zunächst nach der Devise, sie sei "nicht als Befreier, sondern als Sieger" gekommen, und beanspruchte uneingeschränkte Hoheitsrechte im eigenen Besatzungsgebiet.

Die amerikanische Militärregierung regelte das gesamte öffentliche Leben, ernannte neue Amtsträger in Stadt und Land und suchte den Nationalsozialismus dadurch auszumerzen, daß sie führende Funktionsträger des Dritten Reiches inhaftierte und pauschale Massenentlassungen von ehemaligen Mitgliedern der NSDAP vor allem im Bereich der öffentlichen Verwaltung anordnete.

Erste Ministerpräsidenten
Am 25.5.1945 ernannte die Militärregierung den früheren Vorsitzenden der Bayerischen Volkspartei, Fritz Schäffer, zum Ministerpräsidenten. Die Bayerische Staatsregierung war nur befugt, gemäß den Anweisungen der Militärregierung zu handeln. Sie stand vor schier unlösbaren Aufgaben bei der Sicherstellung der Versorgung der Bevölkerung und beim Wiederaufbau der öffentlichen Verwaltung. Die Städte waren mehr oder weniger zerstört; es gab Hunger, Kälte und Wohnungsnot. Zudem mußte Bayern mehr als 2 Millionen Flüchtlinge und Heimatvertriebene aufnehmen.

Die Militärregierung entließ Schäffer am 28.9.1945, da er ihrer Ansicht nach im Interesse der Arbeitsfähigkeit der Verwaltung den öffentlichen Dienst nicht rigoros genug von ehemaligen Parteimitgliedern gesäubert hatte. Sie ernannte den Sozialdemokraten Wilhelm Hoegner zu seinem Nachfolger.

Die amerikanische Militärregierung wollte in Deutschland wieder eine Demokratie errichten. Zugleich stellte sie frühzeitig die Weichen in Richtung auf einen föderalistischen Aufbau eines künftigen Deutschland, indem sie am 19.9.1945 innerhalb des amerikanischen Besatzungsgebietes drei Länder mit dem Charakter von Staaten gründete: Bayern, Groß-Hessen und Württemberg-Baden, wobei die beiden letztgenannten Länder damals aufgrund der Existenz der französischen Besatzungszone wesentlich kleiner waren als heute. Die drei Länder wurden durch einen Länderrat verbunden, in dem die Länderregierungen vertreten waren.

Demokratie von unten
Nach den Vorstellungen der Amerikaner sollte die Demokratie von unten aufgebaut werden. General Clay, der Leiter der Militärregierung in der US-Zone, ließ im Jahr 1946 eine Abfolge von Wahlen zunächst auf der Ebene der kleinen Gemeinden, dann auf der mittleren Ebene der Stadt- und Landkreise und schließlich auf Landesebene abhalten. Entsprechend regte die Militärregierung ab Herbst 1945 die Gründung von Parteien in stufenweiser Abfolge von der örtlichen bis zur landesweiten Ebene an. Sie behielt sich aber die Entscheidung über jeden einzelnen Gründungsantrag vor. CSU und SPD erhielten bereits am 8.1.1946 die Lizenz für ganz Bayern.