Reformation
Die Mißstände in der Kirche in Bayern waren nicht geringer als in anderen Gebieten, doch verschlossen sich die bayerischen Herzöge der Reformation und erließen mehrere Religionsmandate (1522, 1524, 1531) gegen Luthers Lehre und deren Anhänger, die es in den meisten Städten und teils auch auf dem Land gab. Gleichzeitig wurde beschlossen, gemeinsam mit den Bischöfen die begründeten Beschwerden gegen kirchliche Mißstände zu bekämpfen.

In Franken breitete sich die Reformation von Nürnberg her rasch aus und fand seit 1527 in Markgraf Georg von Ansbach-Kulmbach einen starken Helfer. Viele Reichsstädte, Grafen, Herren und die Reichsritterschaft der Region beriefen evangelische Prediger und erließen Kirchenordnungen, was die Ablösung der bischöflichen Jurisdiktion durch eine landesherrliche Kirchenverwaltung bedeutete, deren Oberhaupt der jeweils regierende Landesfürst war.

Auch im östlichen Schwaben gewann die Reformation vor allem in den Städten frühzeitig an Boden. Eine besondere Rolle spielte hier die Reichsstadt Augsburg.

Die Anhänger der neuen Lehre in den Städten des Herzogtums Bayern, vor allem in München, Landshut, Ingolstadt und Straubing, wurden zum Widerrufen gezwungen. Doch führten einzelne Territorialherren, sehr zum Mißfallen der bayerischen Herzöge, auch in altbayerischen Gebieten die Lehren Luthers ein, so z.B. die Herzöge von Pfalz-Neuburg, die Grafen von Haag und die Grafen von Ortenburg. Die Berechtigung hierzu leiteten sie aus ihrer Stellung als unmittelbare Reichsstände, die nur Kaiser und Reich Gehorsam schuldeten, ab.

An der katholischen Religion hielten vor allem die geistlichen und die österreichischen Herrschaftsgebiete fest. Im Schmalkaldischen Krieg 1546/47 setzte sich Kaiser Karl V. gegen die protestantischen Stände durch. Der im Anschluß an den Krieg von den noch militärisch gerüsteten Kriegsparteien abgehaltene "Geharnischte Reichstag" 1547/48 brachte die Wiedereinführung des katholischen Gottesdienstes, ehe der Fürstenaufstand von 1552 das evangelische Kirchenwesen im allgemeinen wiederherstellte, was durch den "Augsburger Religionsfrieden" 1555 bestätigt wurde. Im "Zweiten Markgräfler Krieg" 1552/53 versuchte Albrecht Alcibiades von Kulmbach vergeblich, ein von ihm beherrschtes Herzogtum Franken zu schaffen.

Gegenreformation und katholische Reform
Das 1545 einberufene Konzil von Trient führte keine schnelle Lösung der Religionsfragen und keine erneute Einheit des Bekenntnisses im Reich herbei. Auch in Bayern wurden die Reichung des Abendmahlkelchs an Laien und die Priesterehe gefordert, und die adeligen Unterstützer der Reformation äußerten sich öffentlich auf den Landtagen. Doch Herzog Albrecht V. (1550-1579) ließ 1564 die der Verschwörung verdächtigen Wortführer dieser Adelspartei festnehmen. 1571 wurden die Lutheraner des Landes verwiesen, ein Geistlicher Rat gegründet und ein Index verbotener Bücher aufgestellt. Seit 1556 machten die Jesuiten die Universität Ingolstadt neben Dillingen zu einem Mittelpunkt der katholischen Reform in Deutschland.

Ein starkes Motiv für die kirchenpolitischen Aktivitäten war das Familieninteresse: Albrecht versuchte, seinen Sohn Ernst mit geistlichen Pfründen zu versehen. So hatte dieser 1583 die fünf Bistümer Freising, Hildesheim, Lüttich, Münster und Köln inne. Im selben Jahr schloß der Herzog mit dem Papst ein Konkordat, das die Rechte von katholischer Kirche und Staat in Bayern bis 1817 regelte.

In Franken gelang es dem Eichstätter Bischof Martin von Schaumburg, der 1564 das erste Priesterseminar in Deutschland errichtete, ohne Inanspruchnahme seiner weltlichen Macht eine kraftvolle Restauration des Katholizismus durchzusetzen. Wesentlich härter waren die gegenreformatorischen Maßnahmen der Bischöfe Friedrich von Wirsberg (1558-1573) und Julius Echter von Mespelbrunn (1573- 1617) in Würzburg. Doch kommt Julius, freilich auch einem Initiator der Hexenverfolgungen, das Verdienst zu, umfangreiche Verbesserungen auf sozial- und bildungspolitischem Gebiet (Gründung der Universität und des Juliusspitals) durchgesetzt zu haben.

Rigoros war auch das Vorgehen der Bamberger Bischöfe Neithard von Thüngen (1591-1598) und Gottfried von Aschhausen (1609-1622), des berüchtigten Hexenverfolgers, der auch Bischof von Würzburg war. Beide dachten streng obrigkeitlich, wenngleich sie sich um innerkirchliche Reformen bemühten.

In Schwaben begann Kardinal Otto Truchseß von Waldburg als Fürstbischof von Augsburg mit der Durchführung von Reformen, nachdem er 1563 die Universität Dillingen unter die Leitung der Jesuiten gestellt hatte. Reformen erfolgten auch im Fürststift Kempten und in den zum Bistum Konstanz gehörenden Landkapiteln des westlichen Allgäus. Im Fürstentum Pfalz-Neuburg ließ der zum Katholizismus konvertierte Herzog Wolfgang Wilhelm ab 1615 mit Unterstützung der Jesuiten die Gegenreformation durchführen.