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Jüngeres Stammesherzogtum
Beim Niedergang des karolingischen Großreichs zeigten die Stämme und Landschaften des Ostreichs eine ungebrochene Eigenständigkeit. Verstärkt durch die Bedrohung von außen, stiegen Heerführer zu herzoglichem Rang auf und begründeten das sogenannte jüngere Stammesherzogtum. Der mit den Karolingern verwandte Markgraf Luitpold von Kärnten stellte sich durch zwei Siege gegen die Ungarn an die Spitze des bayerischen Adels; nach seinem Tod bei der Niederlage von Preßburg 907 gegen die Ungarn konnte sein Sohn diese Führungsposition erhalten.In Sachsen und in Schwaben wurden ebenfalls Adelige zu Führern ihrer Stämme. In Franken dagegen bildete sich nur kurzfristig ein Herzogsamt heraus, das mit dem Tod des Konradiners Eberhard (939) wieder erlosch. Franken blieb Königsland mit geistlichen Würdenträgern in führender Stellung. Hier konnte sich der weltliche Adel an Bedeutung mit den Bischöfen, vor allem mit dem Bischof von Würzburg, nicht messen.
Nach dem Tod Ludwigs des Kindes (911), mit dem die ostfränkischen Karolinger ausstarben, blieb die Einheit des ostfränkischen (deutschen) Reiches gewahrt. Die Königswürde wurde von Vertretern des fränkischen, sächsischen und bayerischen Adels an den Franken Konrad verliehen. Nach dessen Tod fiel die Königswürde an den sächsischen Herzog Heinrich (918 - 936), wogegen der bayerische Herzog Arnulf (907-937) eine Art Sonderkönigtum anstrebte, das das Herzogtum Bayern und vielleicht einen Teil des fränkischen Territoriums umfaßt haben dürfte. Arnulf setzte sich zwar gegen den sächsischen König nicht durch, erreichte aber immerhin weitgehende Unabhängigkeit von ihm, so daß er eine eigenständige Kirchen- und Außenpolitik verfolgen konnte.

Konflikte mit den ächsischen Königen
Der das 10. Jahrhundert in Bayern bestimmende Konflikt zwischen den Nachfahren des Markgrafen Luitpold und den sächsischen Königen nahm hier seinen Ausgang. Otto I. (936-973) tolerierte im Gegensatz zu seinem Vater Heinrich I. die unabhängige Stellung des Bayernherzogs nicht. Nach dem Tod Arnulfs schritt er gegen dessen Nachfolger Eberhard ein, vertrieb ihn und setzte an dessen Stelle seinen eigenen Bruder Heinrich, den er mit Judith, der Tochter Arnulfs, vermählte. Die familiäre Anbindung des bayerischen Herzogtums an das sächsische Königshaus verhinderte aber nicht, daß sich im letzten Drittel des 10. Jahrhunderts der bayerische Herzog an allen Aufständen im Reich beteiligte. Der Sohn Heinrichs, Heinrich der Zänker, wie ihn die moderne Geschichtsschreibung bezeichnet, bereitete den Sachsen erhebliche Schwierigkeiten. Die Auseinandersetzung mit Otto II. sollte schließlich nach Heinrichs Niederlage zu einer Vekleinerung des Herzogtums Bayern führen. Die Markgrafschaft Verona, die Marken Istrien und Krain wurden von einem neuen, von Bayern abgetrennten Herzogtum Kärnten geschlagen. Die territorialen Gewinne der zweiten Welle bayerischer Ostsiedelung, die nach dem Sieg Ottos I. gegen die Ungarn auf dem Lechfeld (955) begonnen hatte, waren für das Herzogtum Bayern somit weitgehend verloren, da zudem die Babenberger ab 976 in der Ostmark relativ unabhängig zu herrschen begannen.
Erst 985 wurde Heinrich nach einem Ausgleich erneut mit dem bayerischen Herzogtum belehnt und konnte nach dem Tod des Herzogs von Kärnten noch einmal für wenige Jahre das gesamte Herzogtum vereinen. Nach Heinrichs Tod folgte ihm sein Sohn, der spätere Kaiser Heinrich II. (1002 -1024) nach.