Das Haus der Bayerischen Geschichte ist in fünf Referate mit folgenden Aufgabenschwerpunkten gegliedert:

Direktor: Grundsatzfragen, Didaktik, Museum der bayerischen Geschichte, Presse- und Öffentlichkeitsarbeit
Dr. Richard Loibl
Vorzimmer: Alexandra Sommerfeld
Mitarbeit:  Stefanie Buchhold, Christine Ketzer, Wolfgang Reinicke, Dr. Andrea Rüth (Pressesprecherin), Andreas Scherrer, Judith Bruniecki (Referentin - abgeordnet), Andreas Jell (abgeordnet)

Referat 1: Wissenschaftliche Grundlagen, Ausstellungen
Leitung: Dr. Wolfgang Jahn
Organisation und Durchführung von Ausstellungen, wissenschaftliche Betreuung der Bibliothek, wissenschaftliche und fachliche Auskünfte an Dritte, Archive zur Bayerischen Geschichte
Mitarbeit: Dr. Rudolf Wildmoser, Fritz Armbruster, Dr. Barbara Kink, Jessica Krause, Susanne-Barbara Huber-Scholl (abgeordnet)

Referat 2: Ausstellungen, Ausstellungstechnik und -gestaltung, museale Fragen
Leitung: Dr. Rainhard Riepertinger
Organisation und Durchführung von Ausstellungen, allgemeine gestalterische, sicherheitstechnische und konservatorische Angelegenheiten, Ausstellungskonzepte, Ausstellungstechnik , Vergabe von Zuschüssen
Mitarbeit: Dr. Michael Nadler, Angelika Schreiber, Ralf Skoruppa (abgeordnet)

Referat 3: Ausstellungen
Leitung: Dr. Peter Wolf
Organisation und Durchführung von Ausstellungen, Tag der Franken, Betreuung des Beirats und des Freundeskreises
Mitarbeit: Dr. Margot Hamm, Elisabeth Handle

Referat 4: Veröffentlichungen, Neue Medien, Internet
Leitung: Evamaria Brockhoff
Lektorat, Gestaltung und Produktion der Veröffentlichungen, Neue Medien, Internet
Mitarbeit: Helga Wiedmann

Referat 5: Verwaltung
Leitung: Clemens Menter
Haushaltsvollzug, Innerer Dienstbetrieb, Organisation, Einsatz von EDV, organisatorische Betreuung des Internetangebots, organisatorische Betreuung der Bibliothek
Mitarbeit: Barbara Häberle, Christof Hilscher, Kurt Lange, Karl-Heinz Prebeck, Wolfgang Schaile, Claudia Liehr, Nicole Prebeck